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用于严格和可扩展的细胞追踪的AI
随着时间的推移跟踪单个细胞是生物学中最困难的计算挑战之一。细胞分裂、迁移和改变形状,即使使用强大的显微镜,重建谱系的任务也像是在拼装一个不断移动的拼图。几十年来,这项工作主要依赖于启发式或临时规则,这使得可重复性变得困难,结果在不同实验室之间难以比较。
最近的两篇论文展示了AI和现代计算如何改变这一领域。在OrganoidTracker 2.0中,Betjes及其合著者引入了一种概率框架,量化谱系分配中的不确定性。该方法不仅仅输出“最佳猜测”,还附加了置信水平,使研究人员能够识别模糊案例,并确保更严格的下游分析。
与此同时,Bragantini及其合著者提出了Ultrack,这是一种旨在可扩展性和可访问性的工具。通过将先进的优化和基于图的算法集成到广泛使用的平台中,Ultrack使得能够高效处理大规模成像数据集,同时降低了采用的门槛。
这些进展标志着细胞追踪的转变:从脆弱的启发式方法转向统计基础、可扩展和广泛可用的工具。它们展示了AI不仅仅是在自动化一项任务,而是在可重复性、不确定性和与真实实验工作流程的整合方面重新构建这一任务。


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